Ferjefri E39 starta i 2010 som eit utgreiingsprosjekt. Målet var å undersøke potensialet i ein ferjefri E39 mellom Kristiansand og Trondheim for næringsliv og tilhøyrande bu- og arbeidsregionar. Prosjektet har også sett på teknologiske løysingar for fjordkryssingar, og vurdert korleis tekniske anlegg for fjordkryssingane kan nyttast til å utvinne kraft frå straum, bølgjer og vind. Eit delprosjekt har også vurdert kva type gjennomføringsstrategiar og kontraktsformer som er best eigna for eit prosjekt av så stort omfang.

I Nasjonal transportplan for 2014-2023 stadfesta regjeringa ambisjonen om at ein ferjefri E39 skal realiserast i løpet av 20 år. Ferjefri E39 går difor nå over frå ei muligheitsstudie til å vere Statens vegvesen sitt prosjekt for å samle forsking og utvikling, og å bidra med ny kunnskap inn i byggeprosjekta langs E39. 

Arbeidet blir leia av ei styringsgruppe leia av fungerande vegdirektør Lars Aksnes. Der sit også regionvegsjefane i vest, sør og midt og direktørane for Trafikktryggleik, miljø og teknologiavdelinga (TMT) og Veg- og transportavdelinga, samt ein representant for Styringsstaben i Statens vegvesen. Planlegging og bygging av prosjekta langs E39 blir styr av dei berørte regionane.