I forbindelse med brenselcelle kan hydrogen som drivstoff gi svært god virkningsgrad (energieffektivitet), og utslippet består kun av vann. Brenselcellebiler er i dag kun på forsøksstadiet.

Hydrogen produseres fra vann eller naturgass. Denne produksjonen vil generere CO2-utslipp. Mengden CO2 som slippes ut, avhenger av hvordan hydrogenet produseres, og hva som er energikilden i produksjonen. Det er derfor ikke slik at man unngår CO2-utslipp ved overgang til hydrogen som drivstoff.