Ferjefri E39 er organisert som en del av divisjon Utbygging. Planlegging og bygging av prosjektene langs E39 blir styrt av utbyggingsområdene midt og vest i Statens vegvesen og av Nye Veier. 

Det gjennomføres et omfattende kompetansehevende arbeid i de ulike delprosjektene. Som del av dette har Statens vegvesen et omfattende samarbeid med rådgivende ingeniører, samt med universiteter og forskningsinstitusjoner, hvor Vegvesenet finansierer ph.d.- og postdoc.-stillinger. Forskningen bidrar til å videreutvikle bru- og tunnelteknologi, og å gjøre den billigere, sikrere og mer bærekraftig. 

Prosjektene prioriteres etter samfunnsnytte

Strekningen mellom Kristiansand og Trondheim er delt inn i en mengde mindre plan- og utbyggingsprosjekter. Disse gjennomføres hver for seg etter gjeldende regelverk, og prioriteres etter beregnet samfunnsnytte. Det vil si at fjordkrysningene Rogfast og Hordfast, som er svært samfunnsøkonomisk lønnsomme, sannsynligvis vil bli gjennomført langt tidligere enn en kryssing av Sognefjorden som per i dag ikke er samfunnsøkonomisk lønnsom.